SPADA Meeting Book

(8) Medin, R.A., Rojas, M., Tuin, A., Huff, S., Ferres, M., Martinez-Valdebenito, C., Godoy, 1024 P., Garcia-Sastre, A., Fofanov, Y., & SantaLucia Jr., J. (2011) J. Clin. Microbiol. 49 , 335- 1025 344; doi: 10.1128/JCM.01142-10. 1026 (9) Sozhamannan, S., Holland, M.Y., Hall, A.T., Negrón, D.A., Ivancich, M., Koehler, J.W., 1027 Minogue, T.D., Campbell, C.E., Berger, W.J., Christopher, G.W., Goodwin, B.G., & 1028 Smith, M.A. (2015) Viruses 7 , 3130-3154; doi: 10.3390/v7062763. 1029 (10) Gans, J.D., Dunbar, J., Eichorst, S.A., Gallegos-Graves, L.V., Wolinsky, M., & Kuske, 1030 C.R. (2012) Nucleic Acids Res. 40 , e96; doi: 10.1093/nar/gks238. 1031 (11) Zwick, M.E., Thomason, M.K., Chen, P.E., Johnson, H.R., Sozhamannan, S., Mateczun, 1032 A., Read, T.D. (2011) Sci. Rep. 1 , 169; doi: 10.1038/srep00169. 1033 (12) Rasko, D.A., Rosovitz, M.J., Myers, G.S., Mongodin, E.F., Fricke, W.F., Gajer, P., 1034 Crabtree, J., Sebaihia, M., Thomson, N.R., Chaudhuri, R., Henderson, I.R., Sperandio, V., 1035 & Ravel, J. (2008) J. Bacteriol. 190 , 6881-6893; doi: 10.1128/JB.00619-08. 1036 (13) Sahl, J.W., Sistrunk, J.R., Baby, N.I., Begum, Y., Luo, Q., Sheikh, A., Qadri, F., 1037 Fleckenstein, J.M., & Rasko, D.A. (2017) Sci. Rep. 7 , 3402; doi: 10.1038/s41598-017- 1038 03631-x. 1039 (14) SantaLucia Jr., J. (2007) Methods Mol. Biol. 402 , 3-34; doi: 10.1007/978-1-59745-528- 1040 2_1 . 1041 (15) SantaLucia Jr., J., & Hicks, D. (2004) Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. (2004) 33 , 415- 1042 440; doi: 10.1146/annurev.biophys.32.110601.141800 . 1043 (16) Zuker, M. (2003) Nucleic Acids Res. 31 , 3406-3415; doi: 10.1093/nar/gkg595 . 1044 (17) Xu, Z.Z., & Mathews, D.H. (2016) Methods Mol Biol. 1490 , 15-34; doi: 10.1007/978-1- 1045 4939-6433-8_2. 1046

53